Secuenciar el genoma de un virus implica tener toda su información genética. Con esos datos se pueden realizar desde estudios evolutivos hasta determinar sus rutas de ingreso en un país o una región específica donde surge un brote. Si se lo vigila de forma constante, se pueden determinar mutaciones y linajes. Eso es lo que realiza el Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2, conocido como Proyecto PAIS, en el que se buscó federalizar la secuenciación del coronavirus causante de la enfermedad COVID-19.

Su coordinadora es la doctora en Bioquímica e investigadora del Conicet Mariana Viegas, quien fue convocada por el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación (MINCyT) para su armado, siempre bajo la consigna de federalizar la secuenciación genómica del SARS-CoV-2, con los recursos ya instalados en el país. De esta forma se aunaron fuerzas hasta formar una red para la vigilancia de este virus, que también pueda estar disponible ante la irrupción de otros patógenos causantes de brotes.

Durante su entrevista con IntraMed, Viegas relató cómo evolucionó el Proyecto PAIS desde sus comienzos, sus expectativas a futuro y cómo ve el país hoy frente a la pandemia.

Aquí, los principales conceptos, en sus propias palabras:

•Hace tiempo lidero un grupo de genómica de virus respiratorios y, cuando en enero de 2020 vislumbramos que el coronavirus podía llegar, nos propusimos tener una estrategia lista para secuenciar su genoma con la tecnología que utilizábamos. Para marzo, que llegan los primeros casos a la Argentina, ya teníamos todo preparado. Probamos nuestra estrategia, que funcionó y para abril pudimos obtener los primeros 28 genomas importados y casos que mostraban circulación local. En paralelo, en el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación se arma la Unidad Coronavirus para hacerle frente a la pandemia y como nosotros contábamos con este recurso pedí que nos tuvieran en cuenta. Hasta que un día me llamaron del MINCyT porque querían armar y coordinar un consorcio de genómica del SARS-COV-2, pero bajo la premisa de que fuera federal, que la genómica no se centrara solo en CABA sino que se utilizaran plataformas ya instaladas en el país para dar una respuesta federal. En síntesis, nos pidieron que federalicemos la secuenciación del SARS-Cov-2.

• El consorcio tiene un nodo central, que es el Laboratorio de Virología del Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, que a la vez está en un laboratorio de diagnóstico, por lo cual conocemos todo el proceso que va desde la muestra clínica hasta la secuenciación y el análisis final de esos datos para interpretarlos. El nodo central coordina otros que son los de toma y procesamiento de muestras; los nodos de secuenciación; los nodos informáticos, que procesan los datos para dar los genomas. Después esos genomas consensos pasan al nodo de evolución, donde realizamos los estudios evolutivos, los árboles filogenéticos, clasificamos linajes y variantes a la par que analizamos cómo se introdujeron en el país, si por una sola persona en un caso índice o por introducciones múltiples. Todo lo comunicamos a epidemiólogos para terminar con nuestros informes.

• Arrancamos con el objetivo de secuenciar genomas completos y hacer estos estudios evolutivos. Después, en diciembre de 2020, cuando empezaron a aparecer las segundas olas en el mundo (y nosotros estábamos terminando la primera) emergen las famosas variantes de preocupación. Si bien el consorcio PAIS no es el Malbrán, los periodistas empezaban a preguntarnos si había llegado la variante Alfa. En ese momento nuestro objetivo no era ver en tiempo real qué estaba pasando, sino que realizábamos estudios por períodos, como por ejemplo muestreos en dos meses de una determinada región. Pero con las variantes hubo necesidad de respuestas inmediatas. Fue entonces que nos adaptamos: a la par de nuestros estudios genómicos, el nodo central se propuso hacer también una secuenciación parcial de la proteína Spike, donde están las mutaciones de cada una de las variantes. Entonces usábamos la secuenciación masiva para los genomas y los estudios evolutivos y por otro, la parcial de una secuencia pequeña para saber si era o no una u otra variante. Y nos propusimos que el muestreo de vigilancia de variantes fuera en tiempo real. En algunas regiones, como el AMBA, la vigilancia es constante y en algunos otros lugares se hace un “estado de situación” en caso de un aumento de casos puntual de casos para ver si corresponde a una variante.

•Hoy el consorcio país cuenta con 16 laboratorios, tanto de secuenciación masiva y de variantes. La idea es conservar esta estructura, porque al SARS-CoV-2 hay que seguir vigilándolo y porque la idea del MinCyT era reforzar una red de genómica no solo de este virus sino de otros agentes patógenos para que, si hay un brote, no tengan que esperar los resultados de un centro de Buenos Aires.

E otras partes del mundo la variante Delta se dispersó primero en la población no vacunada

•La variante que más preocupa en Argentina hoy es la Delta porque hay una mayor transmisibilidad. Empezó a verse más en CABA y luego en el AMBA. Pero lo importante es que hay que saber es que la variante Delta aumenta en proporción de los casos analizados (por ejemplo, del 100% de muestras analizadas, el 37% corresponde a la variante Delta). Pero eso no quiere decir que aumenten los casos, sino que aumenta Delta en proporción a la Gamma y a la Lambda. Es probable que suban los casos porque hemos empezado a salir, pero también avanza la vacunación. Además cabe aclarar que en otras partes del mundo la variante Delta se dispersó primero en la población no vacunada, como en los colegios en Israel o los grupos antivacunas en EE. UU. Y nuestro país, con la contención de viajes, tuvo la posibilidad de frenar esta variante a la par que avanzaba la vacunación. Las medidas, por más que hayan sido molestas, funcionaron.

• Se llegó a decir que la variante Delta no se había dispersado por sus competidoras locales Gamma y Lambda, pero yo no creo en esta hipótesis. No se puede sacar una conclusión de lo que pasó en Argentina porque acá hubo un programa de contención de Delta, una intención de que no ingresara, mientras que Gamma y Lambda, que circulaban en América Latina, ingresaban al país a través de múltiples introducciones. Si las condiciones de ingreso de Delta, Lambda y Gamma hubieran sido las mismas, podríamos haber sacado una conclusión. Recordemos que en nuestro país hubo un antecedente: en enero nos preocupamos de que no ingresara la variante Alfa, que produjo grandes brotes en Europa y EE. UU., pero que en el país se frenó. Mientras tanto no se prestó tanta atención a lo que pasaba con Brasil, donde la Gamma se instaló luego de haber sido identificada por primera vez en Manaos.

*Dra. Mariana Viegas. Doctora en Bioquímica. Investigadora del Conicet. Coordinadora del Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos de SARS-CoV2 (Proyecto PAIS) desde el Laboratorio de Virología del Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez de la Ciudad de Buenos Aires.