Investigadores argentinos, que forman parte del consorcio público Proyecto País, desarrollaron un algoritmo que permite identificar si una persona contrajo dos tipos de coronavirus SARS-CoV-2.
La herramienta lleva el nombre de VICOS (Viral COinfection Surveillance/ Vigliancia de coinfección viral ) y se empleó para para detectar coinfecciones por SARS-CoV-2 en datos de 1097 genomas completos recopilados entre marzo de 2020 y agosto de 2021 en Argentina.
Según indica el trabajo, publicado en la revista Virus Research, se detectaron 23 casos (2%) de coinfecciones por SARS-CoV-2 diferentes. Si se desglosan los resultados, tres de estos casos fueron por dos virus del mismo linaje, dos por virus de diferentes linajes genéticos, 13 fueron compatibles tanto con coinfección como con evolución intrahospedador, y 5 casos fueron probablemente producto de contaminación de laboratorio.
Desde 2020 los investigadores del Proyecto País –consorcio del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación– comenzaron a realizar secuenciación de genomas del coronavirus a partir de muestras de pacientes con Covid-19.
Resumen traducido del trabajo original: Assessing the hidden diversity underlying consensus sequences of SARS-CoV-2 using VICOS, a novel bioinformatic pipeline for identification of mixed viral populations. Evaluación de la diversidad oculta que subyace a las secuencias de consenso de SARSCoV- 2 utilizando VICOS, una nueva herramienta bioinformática para la identificación de poblaciones virales mixtas.
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Puntos clave:
- El nuevo pipeline informático VICOS reveló un 2% de coinfecciones por SARS-CoV-2 durante la primera ola de COVID-19 en Argentina.
- La salida de VICOS junto con metadatos adicionales ayudan a diferenciar entre la coinfección por 2 SARS-CoV-2, la evolución dentro del huésped o la contaminación por secuenciación.
- Las coinfecciones de SARS-CoV-2 entre linajes e intralinajes deben monitorearse como la fuerza impulsora de la recombinación y la evolución.
- La coinfección con dos virus SARS-CoV-2 sigue siendo un fenómeno muy poco estudiado. Aunque los métodos de secuenciación de última generación son muy sensibles para detectar poblaciones virales heterogéneas en una muestra, no existe un método estandarizado para su caracterización, por lo que se desconoce su importancia clínica y epidemiológica.
- Se ha desarrollado VICOS (Viral COinfection Surveillance), un nuevo algoritmo bioinformático de filtrado y análisis estadístico para identificar muestras sospechosas de ser poblaciones mixtas de SARS-CoV-2 a partir de un gran conjunto de datos en el marco de una vigilancia genómica comunitaria. VICOS se utilizó para detectar coinfecciones por SARS-CoV-2 en un grupo de registros datos de 1097 genomas completos recopilados entre marzo de 2020 y agosto de 2021 en Argentina.
- Se detectaron 23 casos (2%) de coinfecciones por SARS-CoV-2. El estudio detallado de los resultados de VICOS junto con un análisis filogenético adicional reveló 3 casos de coinfecciones por dos virus del mismo linaje, 2 casos por virus de diferentes linajes genéticos, 13 fueron compatibles tanto con coinfección como con evolución intrahospedador, y 5 casos probablemente producto de contaminación de laboratorio.
- La diversidad viral dentro de la muestra proporciona información importante para comprender la dinámica de transmisión del SARS-CoV-2. Las herramientas bioinformáticas avanzadas, como VICOS, son un recurso necesario para ayudar a desvelar la pluralidad oculta del SARS-CoV-2.
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Algoritmo de trabajo utilizado por VICOS para identificar e informar el número, la frecuencia y la posición de los iSNV en los genomas del SARS-CoV-2 obtenidos con la tecnología Illumina. La canalización requiere un conjunto de archivos BAM como entrada.