La CPRE es una herramienta útil en el tratamiento de las estenosis benignas (generalmente postquirúrgicas) y malignas de la vía biliar. La multiplicidad de accesorios de variados tamaños (balones, dilatadores, guías, drenajes, prótesis etc.) y la relativa facilidad para su colocación  hacen que el  manejo de estas patologías sea una indicación cada vez más frecuente de terapéutica endoscópica.
  
Estenosis benignas

La cirugía en la región distal del estómago, duodeno, páncreas, o hígado puede complicarse con lesiones del árbol biliar. Los traumatismos quirúrgicos durante la colecistectomía dan cuenta de alrededor del 65% de las estenosis biliares benignas que se presentan para tratamiento endoscópico. La combinación de colecistectomía y exploración de la vía biliar dan cuenta de otro 25%, mientras que otros procedimientos (anastomosis biliodigestivas, gastrectomías, resección parcial de hígado y colecistostomía) contribuyen en un 4%. La injuria que incluye dislocación de clips, desgarros, o isquemia, es de observación más frecuente en la vía laparoscópica que en la colecistectomía a cielo abierto.

El éxito de la terapia endoscópica depende de si la obstrucción del árbol biliar es aguda (suturas, clips) o tardía (isquemia, estenosis post-traumática). En el segundo caso, la estenosis es comúnmente distal, focal, y no progresiva; y consecuentemente tendría una buena respuesta a la terapéutica endoscópica. Cualquiera sea la patogénesis o el sitio de la estenosis, el objetivo primario de la endoscopía es pasar un hilo guía a través de la misma, lo cual permite luego el pasaje de balones dilatadores radiales de manera secuencial y proceder luego a la colocación de una o varias endoprótesis. La esfinterotomía previa a la manipulación de la estenosis permite mayor maniobrabilidad y reduce la incidencia de pancreatitis posterior al posicionamiento de las prótesis. Repetidas sesiones de dilatación (dos o tres) a menudo son necesarias para un resultado satisfactorio a largo plazo. Es aconsejable repetir la dilatación a las seis semanas y colocar una o dos prótesis plásticas de 10 French. A menudo las prótesis se recambian cada 4 a 6 meses en un periodo de un año, con lo cual se obtienen respuestas satisfactorias en el 70% de los casos. No obstante, muchos de estos pacientes pueden requerir en el seguimiento alejado cirugía reconstructiva. Las estenosis biliares no completas pueden ser tratadas satisfactoriamente con excelente respuesta en el 80% de los casos.

La colangitis esclerosante primaria provoca estenosis multifocales progresivas  del árbol biliar intra y extrahepático respetando el conducto cístico. El objetivo de la dilatación por vía endoscópica es tratar las estenosis más importantes. Han sido comunicadas  respuestas clínicas positivas en el 70 al 90%, que se mantuvo a largo plazo en el 50 al 70% de pacientes luego de la extracción de las prótesis.
Las complicaciones biliares incluyendo las estenosis de la anastomosis coledoco-coledociana  posterior al trasplante ortotópico de hígado ocurren en el 13% de los pacientes trasplantados. Las estenosis focales extrahepáticas (anastomóticas) son tratables por vía endoscópica, ya sea con dilatación o dilatación más colocación de prótesis por variables periodos de tiempo.

La pancreatitis crónica esta asociada a estenosis persistentes en el 29% de los pacientes adultos y puede desencadenar episodios de colangítis. Las estenosis tienden a ser largas con una longitud media de 4 centímetros. La colocación de prótesis en estos pacientes da resultados satisfactorios con recambio de las mismas cada tres meses en forma electiva o antes si los síntomas recurren.

Estenosis malignas

La obstrucción maligna del árbol biliar puede ocurrir a cualquier nivel entre el hígado y la papila y es consecuencia de la invasión regional (pancreática, ampular, vesicular, o cáncer de los conductos biliares), o de enfermedad metastásica.
Soehendra y Reynders-Frederix fueron los primeros en reportar en 1980 la técnica de inserción de prótesis biliares por vía endoscópica  para tratar paliativamente las obstrucciones biliares malignas. Desde entonces la colocación transpapilar de prótesis ha probado ser un método efectivo para la paliacion de la obstrucción biliar no resecable. Con el desarrollo de duodenoscopios de canal operador de mayor diámetro, se hizo posible la inserción de prótesis de 10 y 11.5 French.

Antes de optar por esta forma de tratamiento paliativo se debe documentar que los síntomas (ictericia, prurito.), son resultado de obstrucción biliar y no de una enfermedad difusa intrahepática o de segmentos biliares intrahepáticos obstruidos por enfermedad metastásica o infiltratíva. El abordaje más apropiado está siempre en función de la experiencia del grupo terapéutico. Si se cuenta con experiencia y la papila es endoscopicamente accesible la CPRE es preferible al abordaje transhepático. La CPRE es menos invasiva, más segura, y brinda una información adicional sobre el estado de la papila mayor así como del conducto pancreático. La inserción endoscópica de una endoprótesis es técnicamente posible en el 80 a 90% de los pacientes. El nivel de la obstrucción en el árbol extrahepático afecta el porcentaje del éxito endoscópico, siendo los resultados superiores para las estenosis distales comparados con las proximales; para tumores en o por encima de la confluencia de los conductos hepáticos, el porcentaje de éxito del abordaje endoscópico y percutáneo es menor. Se han publicado porcentajes exitosos en el rango del 70 al 75%. La resolución del prurito y la ictericia depende de la complejidad de la lesión.

Las complicaciones referidas al posicionamiento de las endoprótesis son las relacionadas directamente a la CPRE, así como las vinculadas directamente a la colocación de la prótesis, tales como perforación duodenal, migración, acodamiento y desplazamiento del stent. También pueden presentarse colecistitis y colangitis, siendo esta última la complicación temprana más importante, y la oclusión de la prótesis la más tardía.
El desarrollo de prótesis metálicas expansibles de mayor diámetro ha resuelto en parte el problema de la oclusión de las prótesis plásticas. En conclusión, la inserción endoscópica de endoprótesis (tanto plásticas como metálicas) ha contribuido de manera significativa a paliar las obstrucciones biliares malignas con un abordaje mínimamente invasivo.