Ahora que ya conocemos  cómo hacer búsquedas básicas de información en PubMed y  continuando con nuestra serie de artículos sobre “Búsqueda de información en Medline a través de Pubmed”, en esta oportunidad aprenderemos a utilizar algunas herramientas de uso avanzado de PubMed.
Fundamentalmente describiremos la barra de funciones de PubMed y el potencial de uso de la misma.

¿Cómo esta constituida la Barra de Funciones de Pubmed?

Como ya mencionamos en el artículo anterior la barra de funciones de PubMed está formada por una serie de herramientas que nos permitirán el refinamiento y la edición de las estrategias de búsqueda.

Las mismas son:

1. Limits
2. Preview/Index
3. History
4. Clipboard
5. Details

Fig. 1. Barra de funciones de PubMed

Desde cualquiera de las páginas de PubMed (salvo en la de interfaces especiales) es posible acceder a la barra de funciones. A continuación describiremos cada uno de sus componentes.

Aprendiendo a  filtrar nuestras búsquedas: “Limits”

Pubmed permite acotar nuestras búsquedas aplicando diferentes filtros  a través de la opción Limits de la barra de funciones. Mediante esta herramienta podremos seleccionar algunas de las opciones que se muestran en dicha página y obligaremos al motor de PubMed a realizar la búsqueda del término ingresado solamente en el campo de MEDLINE seleccionado. Por otro lado debemos tener en cuenta que esta acción anula el mapeo automático de términos ya que específicamente le estaremos indicando a PubMed en qué campo debe realizar la búsqueda De alguna manera es una función que nos brinda una vía intuitiva para realizar una búsqueda avanzada por calificadores de campo.
La opción Limits cuenta con las siguientes opciones:

1. Search by Autor (Figura 2): esta opción permite filtrar las búsquedas por autor. Se pueden agregar uno o varios autores. Para agregar un autor debemos ingresar en el casillero de búsqueda (A) primero el apellido, seguido de un espacio y las iniciales del nombre. Se recomienda agregar solamente la primer inicial. Para ingresar más de un autor debemos hacer clic en “Add Another Author” (B) e ingresar el nombre del autor como lo hicimos anteriormente. Por último debemos seleccionar si los queremos buscar por todos los autores ingresados (All these authors) o solamente por alguno de ellos (Any of these) (C).

Fig. 2: Filtro Search by Author

PubMed tiene una opción de autocompletar, de manera que a medida que ingresamos el apellido, nos va ofreciendo diferentes opciones, de acuerdo a las primeras letras ingresadas. Esto lo podemos observar en la figura 3. De esta manera podemos seleccionar del listado el autor buscado, y automáticamente es cargado al formulario de búsqueda.

Fig. 3: opción de autocompletar Search by Author

2. Search by Journal: esta opción  permite filtrar las búsquedas por revistas. Funciona de manera similar a la opción de filtro por autores. Se pueden agregar una o varias revistas. Para agregar una revista debemos ingresar en el casillero de búsqueda (A) el nombre de la revista. Este filtro al igual que el anterior presenta la opción de autocompletar (Figura 5), por lo tanto a medida que vamos ingresando letras al casillero de búsqueda, nos van apareciendo diferentes opciones (C), de las cuales debemos seleccionar la opción deseada. Para ingresar más de una revistar debemos hacer clic en “Add Another Journal” (B) e ingresar el nombre de la revista como lo hicimos anteriormente. 

Fig. 5 Autocompletar de Search by Journal

3. Full text, Free Full Text, and Abstract: esta sección permite utilizar los siguientes filtros (Figura 6):

Fig. 6: Opción Full Text, Free Full Text, Abstract

§ Links a Full Text: seleccionando esta opción podremos obtener como resultado, referencias que posean enlaces a textos completos disponibles en los sitios editores. Alguno de ellos son de acceso libre, mientras que otros requieren suscripción a la página del editor.
§ Links a Free Full text: mediante esta opción podremos obtener como resultado, referencias que posean enlace a textos completos gratuitos, disponibles en PubMed Central.
§ Abstract: mediante esta opción es posible limitar la recuperación de citas solamente a aquellas que contengan abstract o resumen. Cabe señalar que el 76% de las referencias bibliográficas contenidas en el MEDLINE contienen resumen y todas las citas ingresadas en la base antes de 1975 no poseen resumen.
PubMed nos da la opción de seleccionar alguna de estas opciones o todas a la vez.
4. Dates (Figura 7): esta opción permite limitar las búsquedas por fechas. PubMed brinda la posibilidad de limitar la recuperación de citas en base a dos fechas: “Added to PubMed in the Last”  (fecha en la cual la cita ingresó a la base del PubMed) y “Published in the Last” (fecha en la cual el artículo fue publicado en la revista en papel). Cuando las citas son visualizadas en la página de resultados, las mismas son ordenadas mostrando primero las que ingresaron recientemente al PubMed  en primer lugar y las más antiguas luego (por la fecha Added to PubMed in the Last). El primero de los menús desplegables es el de “Added to PubMed in the Last” (1) que permite limitar la recuperación de citas desde los últimos 30 días hasta los últimos 10 años e inclusive ingresar un rango de fecha en el formato Año/Mes/Día. Inmediatamente por debajo del menú antedicho aparece otro menú, “Published in the Last” (2) que permite limitar la recuperación de los artículos según su fecha de publicación y al igual que la opción “Added to PubMed in the Last” , lo podemos hacer desde los últimos 30 días hasta los últimos 10 años e inclusive ingresar un rango de fecha en el Formato Año/Mes/Día. Con respecto al ingreso de un rango de fechas cabe señalar que tanto el mes como el día son de ingreso opcional.

 Fig.7: Opción Dates

5. Humans or Animals: mediante esta opción es posible limitar los resultados a artículos que traten sobre estudios realizados en humanos o animales (Figura 8).  

 

Fig. 8: Opción Human or Animals

6. Gender: mediante esta opción podremos seleccionar entre femenino o masculino (Figura 9) y limitar la búsqueda de citas a un sexo en particular. Esto se utiliza para estudios sobre humanos.

Fig. 9: Opción Gender

7. Languajes: en MEDLINE se indizan artículos escritos originalmente en más de 50 lenguajes diferentes. La opción Languajes contiene una lista de los más frecuentemente solicitados a la base. Tengamos en cuenta que con este refinamiento se pide a PubMed que recupere citas publicadas originalmente en esos idiomas en las revistas, ya que el 100% de las citas que se recuperarán de la base serán mostradas en inglés independientemente del lenguaje original de publicación. Si no se selecciona ningún lenguaje se recuperarán citas publicadas originalmente en cualquiera de los lenguajes, y es la opción utilizada por defecto.

Las posibles opciones a seleccionar son (Figura 10):
§ English
§ French
§ German
§ Italian
§ Japanese
§ Russian
§ Spanish

Existen otras opciones de idiomas menos usadas que están disponibles. En total son 51 idiomas, además de los ya nombrados.  PubMed permite seleccionar más de un idioma a la vez.

Fig. 10: Opción Lenguajes

8. Subsets: este menú de opciones permite limitar la recuperación de citas a determinados tipos de  agrupamientos de publicaciones. Las posibles opciones a seleccionar son:

§ Journal Groups:

o Nursing journals
o Dental journal
o Core clinical journals

§ Topics:

o AIDS
o Bioethics
o Cancer
o Complementary Medicine
o History of Medicine
o Space Life Sciences
o Systematic Reviews
o Toxicology

§ More Subset

o MEDLINE
o OLDMEDLINE
o PubMed Central

Cada una de estas opciones puede ser agrupada para su mejor entendimiento según:

Base de Datos en la que se encuentra la cita:

o MEDLINE: este filtro sirve para obtener citas solamente de MEDLINE y no de otras bases en la que busca PubMed, como OLDMEDLINE o PubMed in Process.
o OLDMEDLINE: este filtro sirve para obtener citas anteriores a 1966 indizadas en la Base de OLDMEDLINE.
o PubMed Central: este filtro recupera citas que fueron asignadas a dicho servicio. Los mismos están disponibles en texto completo y en forma gratuita.

Filtros por temas:
o AIDS: son filtros específicos sobre SIDA basados en una estrategia desarrollada por los creadores de la base AIDSLINE de la NLM..
o Toxicology: filtro sobre toxicología basado en estrategias desarrollada por los
creadores de la base TOXLINE de la NLM.
o Complementary Medicine: fue creado por el National Center for Complementary and Alternative Medicine (CAM) y la NLM para la facilitar la búsqueda de artículos en dicha area.
o También existen filtros sobre otros temas como: Cancer, History of Medicine, Space Life Sciences, Systematic Reviews. Cada uno de ellos tiene desarrolada una estrategia de búsqueda especial, para buscar específicamente en las revistas del área seleccionada.
PubMed permite seleccionar mas de una opción a la vez.

Agrupamiento de revistas:
o Core clinical journals: consiste en un subset de aproximadamente 120 revistas escritas originalmente en inglés, diseñado para clínicos y bibliotecarios de pequeños hospitales y clínicas. El mismo contiene las publicaciones que son consideradas como las más importantes a tener en cuenta para su adquisición. Generalmente acotar la recuperación de citas a este subset asegura el poder conseguir los textos completos en las bibliotecas médicas regionales.
o Dental journals: subset de revistas sobre odontología. Permite acotar la búsqueda de información en la base del PubMed a las publicaciones del Dental Index.
o Nursing journals: subset de revistas sobre enfermería que acota la recuperación de citas contenidas en el Nursing Index.
Las diferentes opciones que se pueden visualizar en la sección subset se pueden visualizar en la figura 11.

Fig.11: Opción Subsets

9. Type of Article: mediante esta opción es posible limitar la recuperación de citas basado en el tipo de material que el artículo representa, es decir en el tipo de publicación de la cita. En este menú se presentan los más frecuentemente utilizados en las búsquedas. Si no seleccionamos ninguno de los tipos de publicación, PubMed no restringirá a ninguno en particular. Debemos tener en cuenta que si seleccionamos alguno de los tipos de publicación, estaremos limitando nuestra búsqueda a la base MEDLINE ya que tanto las citas contenidas en el PreMEDLINE como en las enviadas por los editores aún no cumplieron el proceso de indización y por lo tanto no tienen asignado aún el tipo de publicación.

Las posibles opciones a seleccionar son:

Fig.12: Opción Type of Article 

1. Ages: Los indizadores de la NLM cada vez que procesan una cita consignan si esta trata en particular sobre algún grupo etario determinado. Mediante esta opción es posible limitar la recuperación de citas a alguno de los siguientes grupos de edades (Figura 13). Nuevamente tengamos en cuenta que si no seleccionamos ningún grupo de edad la recuperación se realizará sin tener en cuenta esta limitación y si por el contrario se selecciona algún grupo etario la búsqueda se realizará solamente en el MEDLINE. Podemos observar que en el ejemplo que utilizamos sobre tratamiento farmacológico del asma en niños podríamos haber limitado desde esta función, a través de la opción All Child.

Los filtros disponibles para Grupos de edades son los siguientes:
o All Infant: birth-23 months
o All Child: 0-18 years
o All Adult: 19+ years
o Newborn: birth-1 month
o Infant: 1-23 months
o Preschool Child: 2-5 years
o Child: 6-12 years
o Adolescent: 13-18 years
o Adult: 19-44 years
o Middle Aged: 45-64 years
o Middle Aged + Aged: 45+ years
o Aged: 65+ years
o 80 and over: 80+ years

Fig. 13: Opción Type of Article

Ahora que ya hemos visto las diferentes opciones para limitar una búsqueda, continuaremos viendo el resto de las herramientas de la barra de funciones de PubMed. A continuación describiremos la forma de refinar nuestras búsquedas a través de Preview/Index.

Aprendiendo a refinar nuestras búsquedas con Preview/Index

Esta opción de la barra de funciones permite hacer búsquedas avanzadas por medio de operadores booleanos. Podemos usar el Preview/Index, como otra opción disponible, para poder acceder a una lista de términos dentro de un campo específico, ej., MeSH Terms, y para seleccionar los términos para elaborar una estrategia de búsqueda utilizando los operadores lógicos, AND, OR, y NOT.
Por ejemplo, si al ejemplo ingresado originalmente (drug therapy asthma children) deseáramos incorporar a la estrategia de búsqueda,  el tipo de publicación review, deberíamos seguir los siguientes pasos:

2. Ingresar a la solapa Preview/Index (Figura 14).
3. Dirigirse a la parte inferior de la pantalla.
4. Seleccionar del menú desplegable la opción Publication Types (1).

Fig. 14: Refinar búsquedas con Preview/Index 

5. Luego ingresar la palabra review en el casillero de búsqueda (2)
6. Presionar el botón Index (3): esto sirve para saber si existe esta palabra en ese campo de la base de datos y para asegurarnos que el término ingresado es correcto y está bien escrito. Si ingresamos un término incorrecto nos daría error en la búsqueda.
7. Luego de seleccionar el tipo de publicación “review” (Figura 15) debemos agregarlo a la estrategia de búsqueda con alguno de los operadores booleanos: AND, OR o NOT (4).
8. En este caso lo agregamos con AND.

Fig. 15: Refinar búsquedas con Preview/Index 

9. Con el botón “Preview” se puede ver cuantas citas se recuperan con
dicha estrategia sin acceder a la página de resultados directamente y continuar
refinando la estrategia si se desea (Figura 16).
Una vez finalizado solo debemos clickear en Go para ver los resultados.
Los operadores boléanos nos permiten:

Intersección (AND) - solo aquellas citas que contengan los términos.
Unión (OR) - citas que contengan al menos uno de los términos.
Diferencia (NOT) - excluye las citas que contengan el término.

Fig. 16: Refinar búsquedas con Preview/Index 

¿Cómo funciona History?

PubMed guardará todas nuestras estrategias de búsqueda y resultados en History. History solo está disponible luego de haber corrido la primera búsqueda. Nos muestra en orden numerado todas las búsquedas según el orden en que se hicieron (Figura 17).
Par ver los resultados solo debemos hacer clic en el número de resultados (1).
Desde esta pantalla podemos combinar las estrategias de búsquedas o agregar términos a la existente utilizando el signo numeral (#) antes del número de búsqueda, ej., #2 AND. Si hacemos clic sobre el signo # seguido del número de búsqueda, se desplegará un menú contextual que nos facilitará esta tarea (2). Una vez revisada la estrategia solo debemos clickear en Go para acceder a la página de resultados.
History tiene dos características importantes:
· El número máximo de estrategias de búsqueda almacenadas en History es de 500.
· Se pierde luego de ocho horas de inactividad

Aprendiendo a usar el Clipboard

Una vez evaluadas las citas en la página de resultados, si alguna de ellas llegara a interesarnos es posible guardarla en el portapapeles, con lo cual es posible seguir realizando búsquedas o refinándolas, y recién al final de nuestro trabajo guardarlas o imprimirlas. El número máximo de citas que se puede guardar es de 500 y al igual que History, son conservadas hasta luego de 8 horas de inactividad.

¿Cómo agrego un cita al Clipboard?

Para colocar una cita en el portapapeles desde la página de resultados, debemos seguir los siguientes pasos:
1. Clickear en la casilla de verificación que está a la izquierda de la cita como muestra la figura 18..
2. Luego seleccionar del menú “Send to” de la página de resultados, la opción “Clipboard”.
3. Una vez seleccionado la cita, es agregada al Clipboard y cambia al color verde. Al mismo tiempo aparece un mensaje enmarcado en un fondo rosa, que informa la cantidad de citas que se han agregado al Clipboard.
4. Si se llegara a oprimir el botón sin haber seleccionado ninguna cita, por defecto se guardarán todas las citas mostradas en esa página de resultados.

Fig. 18: Agregando citas al Clipboard

Recuperando citas del Portapapeles

Las citas en el clipboard se pueden guardar e imprimir de la misma manera que desde la página de resultados. Para borrar las citas del Clipboard, debemos seguir los siguientes pasos:
1. Marcar las citas del Clipboard que se quieren borrar (1)
2. Luego seleccionar del menú “Send to” la opción “Clip Remove” (2). Para borrar todas no seleccione ninguna y oprima “Clip Remove” del menú “Send to”. (Figura 19).

Fig. 19: Remover citas de Clippboard

¿Cómo visualizar nuestra estrategia de búsqueda? –Details

La opción Details de la Barra de Opciones de PubMed (Figura 20) permite visualizar y editar las estrategias de búsqueda. Desde aquí también se puede visualizar el número de resultados obtenidos con la estrategia en cuestión (1). Por otro lado nos muestra la estrategia de búsqueda que usamos (2) y en la parte superior de la pantalla (3) los mecanismo Internos de búsqueda que utiliza PubMed al realizar dicha consulta.
Desde esta pantalla también podemos editar manualmente las estrategias de búsqueda (3).

Fig. 20: Visualización de estrategias de búsqueda a través de Details

Además de la Barra de Funciones de PubMed debemos aprender a utilizar los operadores booleanos para poder realizar búsquedas avanzadas en PubMed.

¿Qué son los Operadores Boléanos?

Los operadores boléanos son operadores lógicos que se utilizan para realizar búsquedas complejas. Fueron creados por George Boole. Este era un matemático británico del siglo XIX que hipotetizaba que el pensamiento podía expresarse en forma de álgebra y creó un sistema algebraico que actualmente es utilizado por las bases de datos para construir los mecanismos internos de búsqueda.
De allí surgieron los operadores boléanos que son: AND, OR y NOT.
Con éstos es posible crear estrategias complejas de búsqueda, para que los resultados obtenidos sean más específicos.

Los operadores boléanos permiten:
§ Localizar términos coincidentes en uno de los campos solicitados o en todos.
§ Conectar palabras o frases en más de un campo de texto.
§ Conectar palabras o frases dentro de un mismo campo de texto.

Existen dos tipos de operadores boléanos:
§ De restricción: AND y NOT. Permiten restringir las estrategias de búsqueda.
§ De Expansión: OR. Permite ampliar las estrategias de búsqueda.

A continuación detallaremos para qué se utiliza cada uno de ellos:

§ AND: permite localizar registros que tengan todos los términos de una búsqueda. Por ejemplo, si buscamos información sobre Tuberculosis AND HIV, PubMed localizará registros que contengan todos los términos de búsqueda. En la opción 1 de la figura 21 esto está ejemplificado en la zona de intersección de color rojo.
§ OR: permite localizar registros que contengan cualquiera o todos los términos especificados. Por ejemplo si buscados Tuberculosis OR HIV, PubMed localizará registros que contengan el primer término o el segundo o ambos. En la opción 2 de la figura 21 observamos que ambos círculos están totalmente coloreados de rojo. Por eso decimos que es un operador de expansión.
§ NOT: permite localizar registros que contengan el primer término pero no el segundo. Por ejemplo si buscamos Tuberculosis NOT HIV, PubMed localizará registros que contienen el primer término pero no el segundo. Esto lo podemos observar en la opción 3 de la figura 21.

Fig. 21: Operadores Booleanos

¿Y cómo ponemos en práctica estas herramientas?

Si tomáramos el ejemplo de la clase anterior y quisiéramos hacer una búsqueda sobre tratamiento farmacológico del asma en niños podemos utilizar algunas de las funciones de la barra de opciones PubMed.
§ Opción 1: como términos de búsqueda podemos utilizar Drug therapy asthma, y de la opción Ages de la herramienta Limits podemos seleccionar  All Child.
§ Opción 2: si de la misma búsqueda quisiéramos obtener citas que tengan textos completos gratuitos podemos seleccionar la opción Free Full Text de la herramienta Limits.
§ Opción 3: si quisiéramos obtener todos los artículos publicados sobre este tema en la revista Pediatrics, podemos utilizar la opción Search by Journal de la herramienta Limits.

Comentarios

Como pudimos observar existen muchas opciones de la barra de herramientas que nos van a permitir acotar o mejorar nuestras estrategias de búsqueda.
El conocimiento de estas herramientas nos va a permitir poder aprovechar al máximo el potencial de esta gran base de datos.
Si bien no tuvimos la oportunidad de poder ver más ejemplos, es una buena excusa para buscar información  y poner en práctica los conocimientos adquiridos.
Pero el potencial de PubMed no termina acá, ya que posee otros servicios adicionales, pero esto  lo veremos con mayor detalle en la próxima publicación.