El comienzo de la enfermedad puede darse a cualquier edad, pero es típica la presentación en la primera infancia. La mayoría de las veces los síntomas comienzan antes de los seis meses. Puede comenzar en el recién nacido y muchos tiene síntomas antes del mes de vida.

No todos los casos tienen los mismos síntomas y la gravedad puede ser variable, tal como se ve en casos de pacientes que fallecieron y otros que siguen una vida normal.
Los síntomas mas frecuentes tienen relación con la principal característica de la enfermedad es decir los desórdenes de la motilidad y dependen de la estasis entre las regiones afectadas.

Estos pueden ser episodios recurrentes de distensión abdominal (>85% de los casos), episodios de obstrucción intestinal recidivante, náuseas, vómitos (60%), dolor abdominal difuso, disfagia, odinofagia, estreñimiento pertinaz (60%). Otros síntomas referidos son reflujo gastroesofágico, saciedad temprana, anorexia, síndrome de Sandifer y alteraciones cardiológicas vagas. La diarrea es infrecuente y puede ser el resultado del sobredesarrollo bacteriano.

En los niños tiene una especial importancia la repercusión de estos episodios sobre el crecimiento. En las series se encuentra hasta un 30% de niños con signos de malnutricióm y mal progreso de peso. La alteración del músculo liso es también responsable de los síntomas urinarios evidentes en un número considerable de pacientes que rondan el 45%. La estasis urinaria predispone a las infecciones urinarias encontradas según las series en un 15-30%. Otras alteraciones halladas en el tracto urinario son: megavejiga (la mas común), megauréter, dilatación de la palvis renal, ectasia pielocalicial, reflujo vesicoureteral, litiasis renal y cicatrices pielonefríticas.

Algunos pacientes tienen afectado el músculo ciliar y en consecuencia tienen dilatación pupilar. La identificación prenatal de la megavejiga contribuyó al diagnóstico y tratamiento mas precoces y a disminuir probablemente el número e intervenciones quirúrgicas innecesarias.

En la forma grave neonatal hay distensión abdominal fetal y después del nacimiento distensión persistente, ausencia o disminución de los ruidos intestinales, falta de evacuación de meconio, oligohidramnios prenatal, algunos tienen polihidramnios debido a la obstrucción del tuvo digestivo y trastornos de la motilidad esofágica.