La reflexión acerca del comportamiento científico de los partidarios de la medicina convencional hacia una forma de medicina alternativa, la homeopatía, demuestra que los médicos muchas veces rechazan una evidencia sólida porque no es compatible con teoría. Otras consideraciones, sin embargo, muestran que los médicos hacen lo mismo con la ciencia médica convencional: a veces descartan una teoría por el descubrimiento de nuevos hechos que la rebaten, pero otras veces se aferran a una teoría a pesar del hallazgo de nuevos hechos que se opongan a ella.

Recientemente, un grupo de investigadores ha intentado esclarecer esta aparente contradicción y generar un ámbito de discusión acerca de si esto aún permite la construcción de una ciencia médica racional.

Los investigadores creen que la ciencia racional es compatible con el comportamiento de los médicos, siempre que los mismos acepten el elemento subjetivo en la evaluación de la ciencia, como ejemplificó la analogía de palabras cruzadas realizada por la filosofía de Haack. Este tipo de pensamiento se adecua muy bien a la perspectiva de Bayes acerca de la toma de decisiones que ha sido propugnada durante décadas en la medicina clínica.
Los investigadores creen que esto no significa que la ciencia esté dominada por una subjetividad completa e incontrolable, sino que el uso de la razón frente a explicaciones contrapuestas aún es posible merced a los argumentos y los contra argumentos.